|
|
Using blind image filtering for images from TEM microscopes
Nováková, Kateřina ; Mézl, Martin (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
This work deals with the blind filtration of the images from the transmission electron microscope. At the beginning of this work there is a basic description of the transmission electron microscope. Following part describes the mechanisms of electron interactions with the observed specimen. Description of basic electron microscopy imaging techniques is included. The last chapter of the theoretical part includes the description of several chosen blind image filtration techniques, especially those using the decomposition of the image into characteristic components. It also contains a summary of methods for evaluation the filtration effectiveness. The practical part focuses on a description of applied blind filtering methods and brings the results of the filtration. Individual methods are compared. In conclusion, the obtained results and usability of the applied methods are discussed.
|
|
|
Detekce a rozměření elektronového svazku v obrazech z TEM
Polcer, Simon ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá automatickou detekcí a rozměřením elektronového svazku ve snímcích z transmisního elektronového mikroskopu. V úvodní části práce je popsána konstrukce a nejdůležitější součástky elektronového mikroskopu. Dále jsou v teoretické části shrnuty módy osvětlení fluorescenčního stínítka, které vznikají při práci na mikroskopu. K automatické detekci elektronového svazku jsou použity metody strojového učení, konkrétně konvoluční neuronová síť U-Net. Následné rozměření elektronového svazku je provedeno na základě aproximace oblasti elektronového svazku elipsou, kde parametry elipsy udávají rozměry svazku. Jelikož při učení neuronových sítí je potřeba mít dostatečně rozsáhlou databázi snímků, jsou v práci popsány metody umělého rozšíření databáze. V práci je navržena vlastní augmentační metoda, která využívá geometrické transformace a aplikuje je na základě módu osvětlení fluorescenčního stínítka. V závěru práce jsou shrnuty a diskutovány dosažené výsledky. Úspěšnost algoritmu je zhodnocena na variabilní skupině snímků pokrývající jednotlivé módy osvětlení fluorescenčního stínítka. Celková úspěšnost dosahuje 0,815 hodnoty DICE koeficientu, který udává míru překryvu dvou oblastí. Práce je kompletně zpracována v programovém prostředí Python.
|
|
|
Detekce biologických struktur ve snímcích z TEM mikroskopu
Cikánek, Martin ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Potočňák, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem první části této diplomové práce je vysvětlit teoretické základy transmisní elektronové mikroskopie and zmínit fundamentální části transmisních elektronových mikroskopů. Další část této práce je zaměřena na možné metody segmentace obrazu, využití neuronových sítí při detekci objektů v obraze a na následné shlukování výsledků. Teoretická část práce je zakončena vysvětlením některých již publikovaných metod automatické detekce biologických struktur v obrazech z mikroskopu a teoretickým návrhem algoritmu, který bude následně vypracován. Na začátku praktické části je vysvětlen postup trénování neuronových sítí za účelem automatické detekce biologických struktur v obraze. Poté následuje zhodnocení výsledků dosažených těmito sítěmi. Následně jsou na tyto výsledky aplikovány metody shlukové analýzy, jejichž výsledky jsou porovnávány mezi sebou a taktéž s výsledky dosaženými již publikovanými metodami.
|
|
|
Segmentace karbonových nanokuželů v TEM obrazech pomocí zobecněné Houghovy transformace
Sladký, Vladimír ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Walek, Petr (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá problematikou automatické detekce karbonových nanostruktur v TEM obrazech pomocí zobecněné Houghovy transformace. Je zde popsána teorie Houghovy transformace obrazu za účelem detekce analyticky popsatelných i obecných struktur. Dle charakteristiky TEM obrazů karbonových nanostruktur jsou vytvořeny syntetické testovací obrazy, které jsou předzpracovány kombinací morfologických operací a prahování s globálním prahem. Je navržen algoritmus Houghovy transformace, který detekuje nanokužely v umělých obrazech. Úspěšnost a přesnost detekce je testována v závislosti na parametrech použitých při vytváření umělých obrazů nebo úrovni předzpracování.
|
|
|
Porovnání mikroskopických diagnostických metod
Veselý, Jakub ; Tihlaříková, Eva (oponent) ; Čudek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem a porovnáním diagnostických metod transmisní elektronové mikroskopie, rastrovací elektronové mikroskopie a mikroskopie atomárních sil. V úvodu práce je uveden popis jednotlivých diagnostických metod. Následuje experimentální část zabývající se diagnostikou vzorku feritické chromové oceli metodami rastrovací elektronové mikroskopie, mikroskopie atomárních sil, transmisní elektronové mikroskopie a vyhodnocením a interpretací naměřených výsledků. V závěru práce je uvedeno srovnání, výhody a nevýhody použitých diagnostických metod.
|
|
|
Mikroskopie: nástroj pro materiálovou analýzu
Pleskalová, Kateřina ; Řehořek, Lukáš (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem mikroskopických technik, které se využívají k analýze materiálů. V úvodní části je krátce shrnuta historie mikroskopie. První polovina práce je zaměřena na světelnou mikroskopii a více rozvedena je zde technika konfokální mikroskopie. Druhá polovina práce se soustředí na základní techniky elektronové mikroskopie, tedy transmisní a skenovací elektronovou mikroskopii. V závěru každé kapitoly jsou shrnuty limity a omezení, ale i výhody jednotlivých technik. Pro uvedené mikroskopické techniky je krátce popsána také příprava metalografických vzorků.
|
|
|
Phase plates for transmission electron microscopy
Špičáková, Tereza ; Sháněl, Ondřej (oponent) ; Konečná, Andrea (vedoucí práce)
Samples consisting of light atoms, such as biological samples, provide low contrast in the transmission electron microscope images. However, introducing an additional phase shift between the electrons carrying the information of the sample and the background electrons can enhance the contrast significantly without impacting the quality of the image. This effect can be achieved by using a phase plate in the microscope. Phase plates based on a thin amorphous carbon film are used in conventional transmission electron microscopes. In recent years, extensive research in advanced phase plate design has been carried out. Yet, only a few studies on materials for the thin film-based phase plates have been published. For this reason, the main goal of this master’s project is to design measurements of the phase-shifting properties of various materials. In the first part of this thesis, the theory of electron wave imaging in a transmission electron microscope is described. Then, we review and compare phase plate designs. In the second part, four designs of the experimental setup are presented, out of which two have been tested experimentally. The measurements have been performed on a series of samples of different thicknesses and materials, and the results have been appropriately analysed. Furthermore, the qualitative behaviour of the tested designs has been compared to theoretical computations.
|
|
|
Porovnání mikroskopických diagnostických metod
Veselý, Jakub ; Tihlaříková, Eva (oponent) ; Čudek, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá popisem a porovnáním diagnostických metod transmisní elektronové mikroskopie, rastrovací elektronové mikroskopie a mikroskopie atomárních sil. V úvodu práce je uveden popis jednotlivých diagnostických metod. Následuje experimentální část zabývající se diagnostikou vzorku feritické chromové oceli metodami rastrovací elektronové mikroskopie, mikroskopie atomárních sil, transmisní elektronové mikroskopie a vyhodnocením a interpretací naměřených výsledků. V závěru práce je uvedeno srovnání, výhody a nevýhody použitých diagnostických metod.
|
|
|
Charakterizace PHA produkujících buněk pomocí pokročilých mikroskopických a cytometrických technik
Dlouhá, Karolína ; Nováčková, Ivana (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je zdokumentovat produkci polyhydroxyalkanoátů u vybraných bakteriálních kmenů, kterými byly Pseudomonas thermotolerans, Chelatococcus daeguensis, Tepidiphilus thermophilus a Chelatococcus thermostellatus. U mikroorganismů Tepidiphilus thermophilus a Pseudomonas thermotolerans zatím nebyla produkce PHA pospána a u bakterií rodu Chelatococcus, které byly v této práci analyzovány, nebyla produkce zdokumentována pomocí elektronové mikroskopie. V této práci byly vybraní producenti analyzováni nejdříve pomocí průtokové cytometrie s použitím fluorescenčních sond BODIPY a Nilská červeň. Vybraní producenti, u kterých se produkce potvrdila, byly analyzováni dalšími metodami, kterými byly fluorescenční mikroskopie, cryo-skenovací elektronové mikroskopie a na závěr transmisní elektronová mikroskopie. U bakteriální kultury Pseudomonas thermotolerans se produkce PHA nepotvrdila již při první analýze pomocí průtokového cytometru. U ostatních mikroorganismů byla produkce potvrzena. Bakterie rodu Chelatococcus se jasně prokázaly jako lepší producenti. Bakteriální buňky Tepidiphilus thermophilus produkovaly menší granule a v menším množství.
|
|
|
Techniky využívající svazek nabitých částic k zobrazení a analýze materiálů
Lamborová, Leona ; Kičmerová, Dina (oponent) ; Čupera, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá technikami využívající svazek nabitých částic pro zobrazení a analýzu materiálu. Mezi nabité částice využívající se pro tyto účely patří elektrony a ionty. Tato rešeršní práce je tedy rozdělena na podstatu elektronové a podstatu iontové optiky. Dále je zde pojednáno o principu funkce, konstrukci a detektorech, které slouží k obrazové a chemické analýze skenovací elektronové mikroskopie, transmisní elektronové mikroskopie a metody fokusovaného iontového svazku.
|
host ::
RSS.